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Docking Proteinas

Lo que hacemos...

 

Nuestro objetivo fundamental es encontrar nuevas moléculas que puedan convertirse en fármacos eficaces en la lucha contra el cáncer. Para ello trabajamos en el desarrollo de algoritmos cuya finalidad consiste en predecir cómo estas moléculas se unen a sus receptores biológicos y así poder, de alguna manera, modular el comportamiento de éste, por ejemplo, inhibiendo el ciclo reproductivo del ADN dañado, frenando por tanto la proliferación de las células cancerígenas.

 

La búsqueda de estas moléculas se realiza en grandes bases de datos que llegan a contener millones de ellas. Además, cada una de estas moléculas tiene una complejidad estructural inherente que se traduce en multitud de disposiciones tridimensionales distintas que es necesario tener en cuenta y probar. Esto hace que el número total de estructuras a evaluar sea virtualmente infinito.

 

Para poder realizar este tipo de experimentos es necesario disponer de potentes ordenadores, y cuantos más mejor. Es aquí donde proyectos como Ibercivis adquieren una relevancia especial.

 

Ibercivis nos va a permitir cribar virtualmente, que es como se conoce a la técnica que estamos desarrollando, millones de moléculas en tiempo record. Esto supone una aceleración muy importante en el proceso de diseño de nuevas moléculas, muy largo y costoso en la actualidad.

 

Los proyectos de computación voluntaria cumplen una doble misión. Por una parte representan una ayuda inestimable en cuanto a la cantidad de cálculos que podemos realizar. Por otra, los voluntarios entran en contacto directo con la investigación científica que se está realizando en su propio ordenador, adquiriendo nuevos conocimientos y mayor concienciación del problema a resolver.

 

Algunos proyectos similares que ya han obtenido resultados prometedores son el salva pantallas de la Universidad de Oxford dedicado al cáncer y WISDOM a la malaria. En el primer caso, y después de un año, se llegaron a usar alrededor de 1.5 millones de ordenadores en más de 200 países. Con Ibercivis esperamos obtener resultados competitivos.

 

Aunque a una escala sensiblemente menor en la Unidad de Bioinformática del CBMSO ya hemos empezado a obtener resultados importantes en un par de proyectos relacionados con el cáncer. En concreto hemos patentado varias moléculas con resultados experimentales positivos.

 

Gracias a todos por vuestra ayuda,

 

El equipo de Docking

5 comentarios

seldon -

Me parece fantástico iniciativas como esta en la que cualquiera de nosotros puede aportar su pequeño granito de arena. Para mi es una gran satisfacción contribuir, aunque sea un poquito, a que la investigación en España alcance metas importantes.

Un saludo,
Alberto.

Antonio Morreale -

Estimado Ares,

Muchas gracias por su comentario. Evidentemente, no todo el mundo, y usted es uno de ellos, tiene que estar de acuerdo con esta iniciativa. No tratamos de liar a nadie, cada uno es libre de unirse al proyecto o no. Las investigaciones las hacemos nosotros, el ciudadano "colabora" en la realización de los cálculos.

Me parece, y es mi opinión, que juzga a la ligera nuestra honestidad y sentido ético. Claro que hacemos ciencia e investigación, y hemos dedicado mucho esfuerzo a preparar un proyecto que hará que los ciudadanos estén más en contacto con los avances en estas investigaciones.

No se si estuvo en la presentación, pero ahí se dijo claramente que los proyectos que ahora mismo están en funcionamiento son sólo los primeros de una lista, que en un futuro breve aumentará con otras aplicaciones de otros campos de investigación.

No se cuantas veces nos habrá oído hablar, en particular al grupo de docking que es al que pertenezco, para calificar de palabrería, cambalache y compadreo. Pero de nuevo, creo que lo hace a la ligera.

Poco nos conoce cuando afirma que para nosotros investigar es salir en los medios. Llevo 12 años en investigación y esta es la primera vez que un proyecto en el que yo estoy involucrado sale a la luz en los medios de comunicación, aunque si mira las notas de prensa, se dará cuenta que mi nombre no aparece en ningún sitio, ni siquiera el de la unidad en la que trabajo, tan sólo el Centro.

Los usuarios no se dejan engañar, creo que subestima su inteligencia, son libres, como le decía arriba, de contribuir o no. Animar a la gente a estudiar ciencias y luego a la investigación es muy loable. Pero mientras eso sucede, y es un periodo bastante largo por el que yo he pasado y puedo dar opinión de primera mano, contribuir a nuestros proyectos es un complemento serio, riguroso y actualizado a su formación.

De manera implícita, en las publicaciones que surgan, estará representado el colectivo ciudadano que nos ha apoyado. El salir en la TV, si es para acercar a los ciudadanos a la ciencia, me parece perfecto. ¿Está usted acaso en contra de los espacios divulgativos o de los reportajes de investigación?

Me da la sensación de que el concepto de altruismo que yo tengo no coincide con el de usted, es como si hubiese que pagar algo a cambio de la ayuda de los ciudadanos. Es un proyecto de "computación voluntaria" y sin ninguna pretensión material por ambas partes (ciudadanos e investigadores).

Evidentemente estamos lejos de curar el cáncer, pero cada vez más cerca, y sinceramente pienso que proyectos como este son muy importantes para avanzar.

Como todo en esta vida, veremos qué ocurre de aquí a unos meses, cuando tengamos suficientes resultados analizados.

Reciba un cordial saludo,
Antonio Morreale
Equipo de Docking

ares -

Ya está bien de liar al personal con "curar el cáncer" y pretender que os hagamos la investigación los ciudadanos. Deberían tener bastante más honestidad profesional y más sentido ético porque están jugando con la sensibilidad de muchísimas personas que necesitan oir estas palabras para aferrarse a una esperanza. ¿Esto es ciencia? ¿Esto es investigación? Deberían explicar por qué estos proyectos, y no otros son tan importantes para la Ciencia de este país(usuarios, infórmense, siempre son las mismas patas del mismo banco: materiales, fusión, proteínas, como si no hubiera más líneas en las que mereciera la pena investigar). Además, les conocemos y sabemos que, mediante palabrería insulsa, cambalaches políticos y compadreos, consiguen los recursos computacionales que a otros investigadores más realistas y honestos se niegan sistemáticamente. Si para ustedes investigar es salir en los medios y que los demás les pongamos los ordenadores, adelante, pero no pretendan que comulguemos con ruedas de molino. Esto no es Ciencia porque no permite el avance más que "de los de siempre".
Usuarios, no os dejéis engañar. Si queréis contribuir al desarrollo científico y social de este país, estudiad Ciencias e Investigad libremente lo que más os estimule. No seáis peones invisibles de estos manipuladores. ¿O es que os van a incluir como autores de sus publicaciones? Ellos saldrán en la tele. Vosotros no. Están muy lejos de "curar el cáncer", como tanto gustan de alardear en los medios.

Antonio Morreale -

Hola robert,

Gracias por ceder tu PC al proyecto. En cuanto a tu pregunta, simplemente tienes que instalar BOINC y cuando te pregunte a qué proyecto quieres unirte, debes poner: http://registro.ibercivis.es

Un saludo,
Antonio

Equipo de Docking

robert -

pues tienen mi pc a su disposicion. lo que no se poner este proyecto