Docking Proteinas
Todos los medicamentos incluyen en su composición una sustancia química llamada principio activo (a la que genéricamente denominaremos ligando) y que es responsable de la actividad de dicho medicamento.
El resto de sus componentes, denominado excipiente, está constituido por sustancias inactivas cuya misión, entre otras, es asegurar que el principio activo llegue al lugar donde debe actuar.
Estos lugares normalmente se encuentran localizados tanto en la superficie como en el interior de ciertas estructuras macromoleculares "receptores" como son las proteínas y los ácidos nucleicos entre otros.
Al final de su viaje, un ligando ha de encontrar su centro activo y acoplarse a él. Este proceso, denominado docking, es bastante complejo y en él entran en juego una serie de procesos químicos gobernados por leyes de físicas, entre ellas las que tienen que ver con la energía que se consume o libera en tal proceso.
El saber cómo ocurre esta unión, así como la caracterización y cuantificación de los distintos eventos que tienen lugar en tal proceso, es un área de investigación en creciente desarrollo, ya que este conocimiento nos aportará los elementos necesarios que nos permitirá, en teoría, diseñar moléculas con la estructura óptima necesaria para que su actividad sea no sólo mucho mejor, sino que además no produzca interferencias con otros centros activos no deseados, lo que darían lugar a los conocidos "efectos secundarios".
En la actualidad contamos con sofisticadas técnicas experimentales de cuyos resultados se extrae información tridimensional tanto de las proteínas como de los ligandos, es decir, cómo están situados sus átomos en el espacio y cuál es la disposición geométrica de la unión entre ambos. Por lo tanto, sabemos cómo se han unido las moléculas y cuánto vale esa unión. Si fuéramos capaces, a partir de esas estructuras tridimensionales y con las leyes físicas y químicas que conocemos, de reproducir los resultados experimentales, estaríamos en la posición de poder predecir, para cualquier otro ligando, cómo sería su unión y cuánto valdría, antes de hacer costosas pruebas farmacológicas.
26 comentarios
crabenks -
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antoniko -
en mi caso hasta diez dias sin conexion, pero con posibilidad de computar.
se puede hacer algo??
me gustaria por lo menos en el subproyecto docking, del modo actual pierdo mucha capacidad de colaborar.
gracias
Ruben Gil Redondo -
Pues si seria interesante que apareciera el porcentaje de dockings hechos respecto al total; se lo comentaremos al equipo técnico a ver si hay alguna manera de incluirlo automáticamente.
Por ahora de la base de datos de 4039927 de moléculas que tenemos se ha completado el docking para 407959 moléculas, es decir, que aproximadamente ya está hecho el 10%. Estamos preparando los resultados que ya hay para poder analizarlos y empezar a publicar en la web los primeros datos.
Muchas gracias por tu colaboración Elena, un saludo.
Rubén Gil Redondo
Equipo de Docking
Elena -
a raíz de lo que comentaba Apa sobre la actualización del porcentaje de la tarea, me gustaría preguntar si se ha pensado en actualizar además el porcentaje de proyecto que se va haciendo y ponerlo en algún apartadillo de la web. En ninguno de los 3 proyectos que lleva ahora mismo ibercivis se puede ver cómo va nuestro trabajo a nivel global, pero en algun subproyecto de otros proyectos si que puede, y aunque sea un poco tonto, creo que estaría bien ver cómo vamos progresando en el subproyecto de docking (en el resto no es que no esté bien, pero me toca menos).
Saludos
Ruben Gil Redondo -
En la vista simple te aparece materiales64 porque es la aplicacion que esta ejecutandose en ese momento. Como sabes Ibercivis consta de tres proyectos cientificos (materiales, fusion y docking) que se distribuyen en el tiempo de calculo.
El de docking es el Proteinas. Si solo quieres hacer tareas de este tipo (o del tipo de los otros proyectos) puedes configurarlo desde la pagina de Ibercivis: Menu Ibercivis y despues en Tu Cuenta. Ahi en el menu Subproyectos puedes dejar marcados aquellos que quieres que se ejecuten en tu ordenador.
Venga espero que te haya sido de ayuda. Un saludo.
Ruben
Rubentronics -
Un saludo.
efren -
Muchos de los nuevos boinianos,dan por sentado ante la falta de informacion que poseen y sobre todo por la nueva incorporacion a este mundo,pero es de decir que es un sistema archiconocido y fundamentado en la practica.Hasta ahora por lo que he visto es de los proyectos que mas informacion esta dispuesta a dar al ciudadano e incorporarlo dentro del tu a tu con la ciencia.Proyectos como rossetta y el wcg lo hacen,demos una oportunidad a ibercivis y de verdad llevamos mucho tiempo esperando un proyecto español de estas caracteristicas,se ha hecho esperar pero aqui lo tenemos,es una ocasion para potenciar la ciencia española y han tenido el placer de invitarnos,muchos les estamos agradecidos por ello,otros no sus razones tendran,harto de ver esas razones estoy pero no es aqui ni el lugar ni el momento para explicarlas.
Hay enfermedades tan duras como el cancer pero que no tienen el renombre de este y se de que estoy hablando porque por desgracia de la vida me ha tocado en mi familia.Fomentar y potenciar la posible curacion o el acercamiento a la futura cura de las diversas enfermedades deberia ser un deber de todo hombre.
Bueno un saludo y buen rollito
galle -
sigan intentándolo ^__^
Antonio Morreale -
En primer lugar gracias por tu colaboración y tus palabras de apoyo. No hay ningún proscrito, todas las opiniones valen, siempre y cuando no sean ofensivas, y sobre todo, como muy bien dice Alberto Pascual, se deben aportar datos cuando la crítica es tan directa, y según ares, tan fundamentada. Digo esto por que parece que nos conoce a la perfección, con lo cual cuenta con ventaja. Pero bueno, no es cuestión de echar más leña al fuego.
Con respecto al programa de docking, sus algoritmos y cómo estos se han implementado, en los documentos que poco a poco iremos poniendo en este foro se verán las cosas más claras. Como dije antes, y aunque me repita, la forma en la que funciona y los detalles necesarios fueron publicados en el 2001, y están a disposición de cualquiera.
Con respecto a lo comentas de los porcentajes, por favor, transmite ese problema al Blog de Ibercivis.
Un saludo y gracias de nuevo.
Antonio Morreale
Equipo de Docking
Ana Negri -
Creo que sigue fallando para mac. Al menos, en mi pequeño ibook, todos los trabajos que entran fallan. A no ser que algo esté haciendo mal.
Muchas gracias y muchos ánimos.
Apa -
Comulgo con la opión de la mayoria que expresa aquí la suya, es decir: creo en este proyecto y que nos conduce hacia la vanguardia en el progreso pero lo mas importante creo que de verdad aporta soluciones (al menos a largo plazo). No obstante, veo algo de verdad en lo que el "proscrito" ares dice al respecto del software que utilizais, subrutinas y algoritmos. Yo tan solo soy un estudiante de farmacia y aunque aficionado a la informática carezco de conocimientos para evaluar correctamente conceptos como algoritmo, subrutinas y demas. Aún a pesar de ello rogaria facilitara estos datos para usuarios no tan negados como yo. Dice que el algoritmo es público y rogaría, por un bien común, que proporcionara mas datos sobre cual es o como otros usuarios con conocimientos mas avanzados pordrían contribuir de una forma mas activa. Por supuesto mi petición podría ser rechazada a lo que no veo ningún inconveniente, ustedes deciden.
Resta decir, que el programa no actualiza en tiempo real el porcentaje de tarea completada, tan solo muestra un 0% antes y durante el procesado de datos y cuando acaba se pone en 100%. No sé si es un fallo, pero lo comunico por si asi fuera.
Nada mas por mi parte y muchas gracias por escuchar.
Antonio Morreale -
El problema que había con mac parece estar ya solucionado. Por favor, aquellos que usen esta plataforma, que lo comprueben.
Un saludo,
Antonio Morreale
Equipo de Docking
Alberto Pascual -
En primer lugar he de decirte que tu falta de educación es notable. En tu primera frase dices que estos investigadores están engañando al personal, que no tienen honestidad profesional ni sentido ético. Si vas a hacer afirmaciones de este tipo te ruego que las documentes porque esto es difamación, y esta página es de contenido público.
En segundo lugar, me parece perfecto que apeles al sentido crítico de las personas. De hecho, es fundamental tenerlo, no solo a la hora de decidir participar en este proyecto sino en todos los aspectos de la vida, así que ningún pero al respecto. De hecho, animo a la gente a que solicite cualquier información que estimen oportuno conocer antes de decidir participar en el proyecto. En ese sentido, si tienes argumentos objetivos en contra de este proyecto exponlos con educación y documentados. Estás atacando un proyecto de investigación sin información objetiva, lo cual es una irresponsabilidad por tu parte ya que, lejos de contribuir a fomentar la discusión constructiva propia de la actividad científica, estás apelando a la no participación con un discurso gratuito.
Un saludo.
Antonio Morreale -
Con respecto al correo de ares, yo ya le contesté en los comentarios de la anterior noticia.
Por lo que hace a su segundo mensaje, sólo dos comentarios:
1. Nadie pretende darle lecciones de bioinformática, mientras que parece que usted su trata de darnos lecciones no sólo de ciencia, sino de ética y honestidad.
2. El software de docking que estamos empleando es "todo nuestro", nada comercial y el algoritmo es público desde el año 2001.
Un saludo,
Antonio Morreale
Equipo de docking
galle -
mejor hacer como los tres monos
ares -
Y a ver si mejoramos un poco la educación (un poco difícil con esas maneras y aspiraciones en la vida). Yo no pretendo salir en la tele, y menos matando a nadie. Pero ya se dijo que la ignorancia es la madre del atrevimiento, así que..¿qué vamos a esperar?.
Por cierto, tan libre y transparente que os hacen creer que es todo ésto, no vendría mal que os dijeran qué software y subrutinas emplean para hacer los cálculos, no sea que estén empleando software comercial o comprometido a licencia personal de ejecución. A lo mejor no es todo tan bonito. O igual sí...
Por cierto, no sufráis, que no os molestaré más. No pretendo interrumpir vuestra comunión mística, no sea que vengáis a buscarme para quemarme en la hoguera. Es una opinión puntual generada al leer en los medios cosas como "un ordenador ciudadano para curar el cáncer" o "la ciencia necesita tu PC". A mí, cuando menos, me resulta pretencioso y digno de análisis.
Y ya por último, el sobrenombre que he empleado en esta ocasión es algo más que "el competidor del e-mule". Si no es mucho esfuerzo, lo puedes mirar al menos en la wikipedia .
Buena suerte. Espero que pronto resolváis todos los problemas de esta ingrata sociedad que tanto os necesita.
hellokiki -
galle -
ares -
Usuarios, no os dejéis engañar. Si queréis contribuir al desarrollo científico y social de este país, estudiad Ciencias e Investigad libremente lo que más os estimule. No seáis peones invisibles de estos manipuladores. ¿O es que os van a incluir como autores de sus publicaciones? Ellos saldrán en la tele. Vosotros no. Están muy lejos de "curar el cáncer", como tanto gustan de alardear en los medios.
Antonio Morreale -
Muchas gracias por unirte al proyecto y por tus ánimos. Con respecto al error que comentas, se lo pasaré al equipo técnico.
Gracias de nuevo.
Un saludo,
Antonio
Equipo de docking
galle -
galle -
en calidad de estudiante de farmacia, deciros una cosa: lo que estáis haciendo es grande!! esto va a suponer aire fresco en la investigación del sector
Gracias por vuestro esfuerzo!